Фамилия Гоянюк образована по распространённой в западных регионах Украины модели: к основе Гоян добавили типичный украинский фамильный суффикс -юк. Он указывает на родственную связь, чаще всего по отцу: Гоянюк — это «сын Гояна» или «потомок Гояна».

Само прозвище Гоян, от которого пошла фамилия, связано с древним и многозначным корнем «гой». В праиндоевропейском языке этот корень (gi или goio) означал «жизнь», «жить». От него произошли староукраинское «гоїти» (исцелять, врачевать) и болгарское «гоя» (откармливать, холить). Исходя из этого, прозвище могло указывать на род занятий или на внешность: Гояном могли назвать лекаря, знахаря, который «гоил» раны, либо, напротив, зажиточного, откормленного человека, которого «гоили» — то есть хорошо содержали.

В древнерусском языке слово «гой» означало не только жизнь, но и мир, спокойствие. Однако самый известный след этого слова — в былинном обращении «Ой, ты гой еси, добрый молодец!». В старину «гоить» значило «жить, здравствовать», поэтому пожелание «гой еси» было равносильно «будь здоров, живи». Позднее эта формула стёрлась, и слово «гой» в ней стали воспринимать как междометие или «ободрительный вызов» (по словарю В. И. Даля).

Таким образом, прозвище Гоян несло в себе либо профессиональный оттенок (целитель), либо социальный (сытый, крепкий хозяин). Со временем оно закрепилось как наследственное имя, а затем, с прибавлением суффикса -юк, превратилось в фамилию, которая бытует преимущественно на западе Украины — в регионах, где эта модель словообразования особенно характерна.