Фамилия Гпйфуллина — редкий случай, когда написание почти наверняка искажено при передаче, а исходная форма восстанавливается по звучанию и типичным моделям. Скорее всего, перед нами вариант фамилии Гайфуллина (или Гейфуллина), распространённой у татар, башкир и других тюркских народов Поволжья и Приуралья.

Основа фамилии — арабское имя Гайфулла (или Гайфетдин), которое состоит из двух частей: «гайф» (араб. غيب — «незримое», «тайное», «сокровенное») и «улла» (араб. الله — «Аллах»). Вместе имя означает «тайна Аллаха» или «сокровенное Божье». В тюркской среде такие имена с компонентом «улла» (раб Божий, дар Божий, тайна Божия) были очень популярны, особенно у мусульманского духовенства.

Суффикс «-ин» в фамилии указывает на русскую модель оформления: так от тюркских имён на согласный образовывали притяжательные фамилии («чей?» — Гайфуллин). Женская форма Гпйфуллина — естественное грамматическое изменение для носительницы фамилии. Сама же фамилия, скорее всего, возникла в среде крещёных татар или башкир, либо у тех, кто в XIX–XX веках фиксировал фамилию по документам, где буква «а» могла быть записана как «п» из-за ошибки писаря или неразборчивого почерка.

Встретить фамилию Гайфуллина (а значит, и её искажённый вариант) можно в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской, Челябинской областях, а также среди татарской диаспоры в Средней Азии. Предки носителя фамилии, вероятно, были людьми, чьё имя подчёркивало религиозность или принадлежность к мусульманской учёной традиции.