Фамилия Грачкова — женская форма фамилии Грачков, и её происхождение напрямую связано с птицей грач. Казалось бы, всё лежит на поверхности: предок мог получить прозвище Грач за внешнее сходство (чёрные, как смоль, волосы, смуглая кожа, сутулость, напоминающая походку грача) или за особенности характера — например, за крикливый, навязчивый голос. Однако в русской ономастике есть и более неочевидный, но не менее вероятный путь образования.

Дело в том, что в старину на Руси было распространено нецерковное имя Грач. Его давали ребёнку как оберег, чтобы злые силы не позарились на того, кто носит «птичье» имя, или, наоборот, чтобы чадо росло быстрым и проворным, как грач. В таком случае фамилия Грачков (а затем и Грачкова) — это не прозвище взрослого человека, а отчество: сын Грача, то есть потомок человека, которого когда-то назвали этим охранительным именем. Модель образования здесь типична для русских фамилий: основа «Грач» плюс притяжательный суффикс «-ов», указывающий на принадлежность.

Интересно, что фамилия Грачков (и её женская форма) встречается в основном в центральных и южных регионах России — там, где грачи — привычные птицы, гнездящиеся большими колониями. В северных областях, где этих птиц меньше, фамилия значительно реже. Это косвенно подтверждает, что прозвище или имя возникло именно в зоне обитания грачей, а не было принесено извне. В словарях фамилия не фиксируется как дворянская или купеческая, что указывает на её крестьянское или мещанское происхождение: вероятнее всего, предки Грачковых были землепашцами или ремесленниками, жившими в сельской местности.