Фамилия Гришиненко — яркий пример украинской модели образования фамилий на -енко. Этот суффикс, один из самых распространённых в украинской ономастике, изначально имел значение «маленький», «сын» или «ученик» (как уменьшительно-патронимический). То есть Гришиненко — это буквально «маленький Гришин» или «сын Гришина». Если в русской традиции патроним застыл в форме Гришин (чей? — сын Гриши), то украинская модель добавила к уже готовой основе ещё один «сыновний» суффикс.

Основа фамилии — Гришин. Это, в свою очередь, притяжательное прилагательное от имени Гриша, народной формы канонического имени Григорий. Имя Григорий (от греческого gregoreo — «бодрствую», «не сплю») было одним из самых популярных на Руси, поэтому и фамилий от него образовалось множество: Григорьев, Гришаев, Гришков, Гришутин и, конечно, Гришин. Гришиненко стоит несколько особняком: это не прямая производная от Гриши, а производная от уже готовой фамилии или отчества Гришин.

Географически фамилия тяготеет к левобережной Украине и югу России, особенно к территориям бывшей Слобожанщины и Запорожья. В реестре Войска Запорожского конца XVIII века встречаются носители сходных фамилий, что косвенно указывает на возможное казацкое происхождение многих Гришиненко. В сословном плане фамилия не была аристократической: её основными носителями были крестьяне, казаки и мещане, у которых в XVIII–XIX веках массово закреплялись фамилии на -енко.

Интересно, что в русском языке фамилия Гришиненко не склоняется по падежам, если принадлежит женщине (Анна Гришиненко), и склоняется, если принадлежит мужчине (Ивана Гришиненко). В украинском же языке ударение чаще падает на последний слог — Гришине́нко, хотя в русскоязычной среде встречается и вариант с ударением на второй слог — Гри́шиненко.