Фамилия Грыбенко звучит на украинский лад и образована по продуктивной модели с суффиксом -енко, который в украинской ономастике означает «маленький», «сын» или «потомок». Основа здесь — «Грыб», а это не что иное, как фонетический вариант слова «гриб». В украинском языке, как и в некоторых южнорусских говорах, распространено «ыканье»: «грыб» вместо «гриб». Так что фамилию дали не «гребцу» и не «горбуну», а именно человеку, связанному с грибами.

Самый прямой путь происхождения — прозвище Грыб (Гриб). В старину так могли назвать человека по внешнему сходству: приземистого, коренастого, с широкополой шляпой или, наоборот, с необычной формой головы. Но чаще прозвище указывало на занятие. Грибник, сборщик или торговец грибами — такой человек кормился лесом, и его дети получали фамилию Грыбенко, то есть «сын Грыба». В словаре украинских фамилий Ю. Редько эта модель одна из самых частых для центральных и левобережных областей Украины.

Есть и менее вероятная, но возможная версия — от дохристианского имени Гриба. В древнерусской антропонимике встречались имена от названий растений и предметов (Гриб, Репа, Ложка). Такие имена давали как обереги или по приметам. Если это так, то Грыбенко — потомок человека, которого звали Гриба, и в этом случае фамилия сохраняет архаичную форму без «иканья».

Географически фамилия Грыбенко тяготеет к югу России и востоку Украины. Встречается в Белгородской, Воронежской, Ростовской областях, а также в Полтавской и Харьковской. Это типичная фамилия казацкой или крестьянской среды, где прозвища были бытовыми и цепкими. Суффикс -енко здесь не дворянский, а массовый, народный, и указывает на формирование фамилии в XVII–XVIII веках, когда украинские фамилии окончательно закреплялись за родами.