Фамилия Губайдулищенко — наглядный пример того, как в одной фамилии смешались разные языковые и культурные традиции. Основа здесь тюркская, а суффикс — украинский, что делает эту фамилию редкой и необычной по своей структуре.

Корень фамилии восходит к арабскому имени Губайдулла, которое через тюркское посредничество (татарское, башкирское) вошло в русскую ономастику. Губайдулла — сложное имя, образованное от арабского «губайд» (уменьшительное от «абд» — раб) и «Аллах». В буквальном переводе оно означает «маленький раб Аллаха», но по смыслу это смиренное обозначение верующего человека — «раб Божий». В татарской и башкирской среде это имя было распространено, и от него пошло множество фамилий: Губайдуллин, Губайдулов, Губайдуллов.

Но Губайдулищенко — это не просто вариант на -ин. Суффикс -енко характерен для украинской модели образования фамилий и означает «сын» или «потомок». В данном случае он присоединён к основе Губайдулищ-, которая сама по себе является производной. Скорее всего, промежуточным звеном было прозвище или патроним Губайдулище — форма с увеличительным или пренебрежительным оттенком, которая в украинской среде могла означать «сын Губайдулы» или «потомок человека по прозвищу Губайдулище». Таким образом, Губайдулищенко — это «сын того, кого звали Губайдулище».

Географически такая фамилия могла возникнуть на границе украинских и тюркских земель — в степных районах Украины, Запорожье, Слобожанщине, где исторически жили татары, башкиры или ногайцы, а затем их потомки принимали украинские фамилии. Встречаются единичные носители фамилии в современной Украине и России, но она остаётся крайне редкой — по сути, штучной.

Интересно, что ударение в фамилии обычно падает на предпоследний слог: Губайдули́щенко, что соответствует украинской акцентной норме для фамилий на -енко. В русском языке возможен вариант с ударением на третий слог — Губайдулище́нко, но это уже вторичное изменение.

Сословно предки носителя фамилии, скорее всего, были крестьянами или казаками — в среде простого люда такие смешанные формы и возникали. Никакой знати или дворянства за этой фамилией не числится, что типично для поздних патронимических образований.