Фамилия Губайдулин имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Губайдулин уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Губайдулин являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Фамилия Губайдулин образована от арабского мужского имении Губайдулла, которое в переводе на русский язык означает «раб Аллаха». Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Губайдулин способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Губайдулин представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.