Фамилия Губайдуллины образована от арабского мужского имени Губайдулла — «раб Аллаха». Это одна из форм имени Убайдулла, где «Губай» — тюркский фонетический вариант. Корень здесь тот же, что и в имени Абдулла, но с уменьшительным оттенком: дословно «маленький раб Бога», что у мусульманских народов звучало как ласково-почтительное именование.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий тюркского происхождения: к основе на -а добавили русский патронимический суффикс -ин. В итоге Губайдуллин — «сын Губайдуллы». Форма множественного числа (Губайдуллины) указывает на род в целом, а не на одного человека.

Своими корнями фамилия уходит в XV–XVII века, когда в состав русского дворянства активно вливались выходцы из Золотой Орды, от печенегов или от половцев. Многие нерусские по происхождению дворяне приносили с собой инонациональные основы, которые затем адаптировались русскими суффиксами. Фамилия Губайдуллин — как раз такой случай: восточное имя родоначальника закрепилось в документах, а потом перешло в фамилию.

Сведения о восточном происхождении фамилии подтверждаются самим именем-основой. Спорных версий здесь нет: Губайдулла — хорошо известное арабское имя, и его этимология прозрачна. Фамилия бытует в основном в Поволжье и на Урале, у татар и башкир, где такие имена были распространены веками.

В отличие от многих фамилий, где корень со временем стерся, Губайдуллины сохранили прямую смысловую связь с исходным теофорным именем. Это делает фамилию не просто родовым знаком, а заметным памятником восточной письменности и культуры, вплетенным в русскую ономастику.