Фамилия Губайдуллаева образована от арабского мужского имени Губайдулла, которое в переводе на русский язык означает «раб Аллаха». Это имя — часть обширного пласта тюрко-мусульманских личных имен с компонентом «улла» (араб. «Аллах»), подчеркивающих религиозную принадлежность и смирение перед Богом. В данном случае основа «Губайд» — это уменьшительно-ласкательная форма арабского слова ‘абд (раб), поэтому полное значение имени — «маленький раб Аллаха» или «преданный слуга Всевышнего». Такие имена были особенно распространены в среде татар, башкир и народов Кавказа, исповедующих ислам.

Фамилия Губайдуллаева — женская форма, указывающая на принадлежность к роду Губайдуллаевых. Мужской вариант — Губайдуллаев. Фамилия образована по русской модели с помощью суффикса -ев, который присоединяется к основе, оканчивающейся на мягкий согласный или гласный (в данном случае к имени Губайдулла). Процесс формирования фамилий у тюркских народов был достаточно длительным и активнее всего проходил в XIX — начале XX века, когда государственная перепись и административный учет закрепляли за семьями наследственные именования. Поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Губайдуллаевых можно лишь на основании генеалогических исследований, обращаясь к метрическим книгам мечетей и ревизским сказкам.

Стоит обратить внимание на написание: фамилия часто встречается в варианте «Губайдуллина» (от имени Губайдулла с суффиксом -ин). Разница в суффиксе (-ев vs -ин) не меняет смысла, но может указывать на разные региональные традиции оформления фамилий или на диалектные особенности произношения в конкретной местности. Встречается также форма «Губайдуллаева» с удвоенной «л» — это орфографическая вариация, не влияющая на происхождение.