Фамилия Губайдулаева образована от арабского мужского имении Губайдулла, которое в переводе на русский язык означает «раб Аллаха». Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Губайдуллаевых можно лишь на основании генеалогических исследований.