Фамилия Губайдулин восходит к арабскому мужскому имени Губайдулла. В переводе на русский оно означает «раб Аллаха» — это один из традиционных теофорных антропонимов, распространённых в исламской культуре. Имя состоит из двух частей: «губайд» (уменьшительная форма от «абд» — «раб») и «Аллах» (имя Бога). Таким образом, исходное имя Губайдулла — это «маленький раб Аллаха» или «слуга Всевышнего», что отражает смиренное положение человека перед Творцом.

Фамилию образовали по русской словообразовательной модели: к основе имени Губайдул(л) добавили патронимический суффикс -ин, характерный для фамилий, которые возникли от имён, оканчивающихся на -а, -я или мягкий согласный. В тюркской среде, где бытовало это имя, русский суффикс -ин закрепился в официальных документах после вхождения регионов Поволжья и Приуралья в состав Российского государства. Поэтому Губайдулин — типичная фамилия для татар, башкир и других народов, исповедующих ислам, но живущих в русскоязычной административной среде.

Стоит обратить внимание на написание: в исходном имени двойная «л» (Губайдулла), но в фамилии часто пишут одну «л» — Губайдулин. Это не ошибка, а результат адаптации: в русском языке двойные согласные в суффиксальных формах нередко упрощаются. Встречается и вариант Губайдуллин — с сохранением удвоения, он ближе к арабско-тюркской орфографии.

Носители фамилии традиционно сосредоточены в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Среди предков Губайдулиных чаще всего были муллы, учителя медресе или просто крестьяне-мусульмане, поскольку имя Губайдулла давали в семьях, дороживших религиозной традицией. В отличие от многих русских фамилий, образованных от мирских прозвищ, Губайдулин несёт прямую связь с духовным именем — и это главное, что стоит знать о её происхождении.