Фамилия Губайдулов — классический пример того, как арабское имя, пройдя через тюркскую языковую среду, превратилось в русскую фамилию. Её основа — арабское имя Губайдулла (в вариантах Губайдулла, Гобейдулла), которое состоит из двух корней: «губайд» (уменьшительная форма от «абд» — раб) и «Алла» (Бог). В сумме имя переводится как «маленький раб Аллаха» или «раб Божий». Такие имена с компонентом «абд» (раб) и одним из эпитетов Всевышнего — обычная практика в исламской ономастике: Абдулла, Абдурахман, Габдулла и так далее.

Словообразовательная модель фамилии типична для народов Поволжья и Приуралья. Тюркское имя Губайдулла получило русский патронимический суффикс -ов, который в данном случае работает как «сын такого-то». То есть Губайдулов — буквально «сын Губайдуллы». В русской канцелярской традиции XIX–XX веков фамилии на -ов стали массово закрепляться за татарами, башкирами и другими мусульманскими народами империи при переписях и паспортизации. Поэтому Губайдуловы — почти всегда выходцы из татарской или башкирской среды, реже — из казахской или узбекской, где имя Губайдулла тоже встречается.

Интересная деталь: в некоторых диалектах и при устной записи имя Губайдулла могли записать как Губайдул или Губай, отчего возникли фамилии-дублеры: Губайдуллин, Губаев, Губайдуллин. Но суффикс -ов в фамилии Губайдулов выдает её «русскоязычное» оформление — в татарской среде чаще встречается вариант Губайдуллин (с тюркским притяжательным суффиксом -ин). Поэтому, если встретили Губайдулова, можно с высокой вероятностью предположить, что его предки жили в регионах, где документация велась на русском языке: например, в Оренбургской, Уфимской или Казанской губерниях.

В сословном плане носители фамилии чаще всего были крестьянами или мещанами, хотя имя Губайдулла встречалось и среди мулл, и среди торговцев. Редких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её «народное» происхождение. Географически Губайдуловы сегодня рассеяны по всей России, но ядро остается в Татарстане, Башкортостане и Челябинской области.

Однокоренные фамилии — Губайдуллин, Губаев, Убайдуллаев (узбекская форма с другим суффиксом). Разница в суффиксах не меняет смысла: все они восходят к одному имени с богословским значением «раб Аллаха».