Фамилия Губайдуллова — женская форма от Губайдуллов, а та, в свою очередь, — классический пример тюрко-татарской фамилии, образованной от арабского имени. Основа здесь — мужское имя Губайдулла (варианты: Губайдулла, Губайдулла), которое переводят как «маленький слуга Аллаха» или «раб Божий». Уменьшительная форма «Губай» (от арабского «губайд» — «маленький раб») указывает на смирение и близость к Всевышнему, что типично для мусульманских имён с частицей «-улла».

Суффикс «-ов» (в мужском варианте) и окончание «-а» (в женском) — русская патронимическая модель, которая закрепилась за татарами и башкирами в XIX–XX веках, когда имперская администрация массово русифицировала фамилии. Если у предка в метрике записали «Губайдулла», то его сын получал фамилию Губайдуллов, а дочь — Губайдуллова. Это не исключение: аналогично образованы Абдулловы, Хайруллины, Сафиуллины.

Географически фамилия плотнее всего встречается в Татарстане, Башкортостане и среди татарской диаспоры в Западной Сибири (Тюменская, Омская области). Реже — у казахов и узбеков, где ударение и написание могут смещаться. В русском языке ударение почти всегда падает на последний слог: Губайдулло́ва.

Что касается сословной принадлежности, то носители фамилии, как правило, происходят из крестьян или ремесленников: имя Губайдулла было распространено в среде простых мусульман, а не знати. Встречаются и потомки мулл, но это скорее исключение — духовенство чаще носило фамилии на «-ов» от более «высоких» имён (например, Абдулхаков).

Интересная деталь: в дореволюционных записях фамилию могли писать через «-ев» (Губайдулаев) или с двойным «л» (Губайдуллов), что связано с разной передачей арабской буквы «лам» на русский. В советских паспортах вариант с одним «л» стал нормой, но в редких архивах попадаются обе формы.