Фамилия Губецкий звучит как типичная польская или западнорусская фамилия, образованная по модели прилагательного с суффиксом -цкий. В этой модели суффикс указывает на принадлежность к месту: владелец поместья или выходец из села с названием Губец, Губка или Губы. Если отбросить суффикс, основа Губ- указывает на корень, который в славянских языках имеет два основных значения: «губа» (часть лица) и «губка» (гриб или пористый предмет).

Самая вероятная версия — топонимическая. На территории Польши, Беларуси и Украины существовали и существуют населённые пункты с корнем Губ-: деревни Губы, Губка, Губово, а также Губец (например, в Польше есть село Gubiec). Фамилию Губецкий мог получить либо помещик, владевший таким имением (типичная модель для шляхетских фамилий на -ский), либо крестьянин, переселившийся оттуда и получивший прозвище по месту прежнего жительства. В этом случае фамилия отвечает на вопрос «откуда родом?».

Менее распространённая, но возможная версия — прозвищное происхождение. В древнерусском языке «губа» могла означать не только орган речи, но и «залив», «губка» (в значении «губчатый, ноздреватый»), а также «обида» или «пограничный знак». Прозвище Губец могли дать человеку с пухлыми губами, либо тому, кто жил у речной губы (залива), либо, в переносном смысле, обидчивому. Суффикс -цкий в таком случае присоединялся к прозвищу Губец, превращая его в фамилию сына или потомка: «Губецкий» — «сын Губца».

С точки зрения социальной истории, фамилия Губецкий чаще встречалась в среде польской шляхты и белорусской знати, чем у крестьян, так как суффикс -ский исторически был маркером дворянского происхождения. Однако к XIX веку, после отмены крепостного права, такие фамилии распространились и среди простого населения, особенно в западных губерниях Российской империи (Гродненская, Минская, Волынская). Сегодня фамилия редкая, но встречается в Польше, Беларуси, на Украине и в России. Её носители, скорее всего, ведут род из региона, где польский и восточнославянский миры пересекались.