Фамилия Губеева образована от башкирского мужского имени Губей. Скорее всего, оно является фонетическим вариантом арабского имени Губай, которое в переводе означает «младший, младший раб». Возможно, так назвали младшего сына в семье. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Губеевых можно лишь на основании генеалогических исследований.