Фамилия Губеев имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Губеев уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Губеев являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Фамилия Губеев образована от башкирского мужского имени Губей. Скорее всего, оно является фонетическим вариантом арабского имени Губай, которое в переводе означает «младший, младший раб». Возможно, так назвали младшего сына в семье. Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Губеев способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Губеев представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.