Фамилия Губеко — редкий случай, когда географический след почти наверняка перевешивает все остальные версии. В отличие от тысяч фамилий на -ов и -ин, которые «привязаны» к отцу, фамилия с суффиксом -ко прямо указывает на юго-западные земли: Украину, Беларусь или южные регионы России. Суффикс -ко в фамилиях (как и в более привычном -енко) обычно означал «маленький», «сын такого-то» или просто давал уменьшительно-ласкательную форму прозвища. Но в случае с Губеко есть важная особенность: корень «губ-» здесь не связан с губами как частью лица.

Наиболее правдоподобная версия — топонимическая. В Западной Украине и в Польше есть несколько населённых пунктов с названием Губе (Hubie, Hube) или Губек (Hubek). Житель такого места получал прозвище Губеко, то есть «пришлый из Губе». Поскольку фамилии на -ко активно формировались в XV–XVII веках, когда люди часто получали фамилию по месту выхода, это объяснение самое простое и логичное. Альтернатива — от личного имени Губерт (через польское Hubek), но для славянской среды это менее характерно, хотя не исключено на землях, где было сильное немецкое влияние (Галиция, Волынь).

Словообразовательная модель проста: основа «губ-» (от названия места или, реже, от имени) + суффикс -ек- (через промежуточную форму Губек) + -о, которое в украинской и белорусской традиции закрепило фамилию в неизменяемой форме. В русском языке фамилия Губеко не склоняется, если принадлежит мужчине, и склоняется как существительное женского рода, если речь о женщине — это типичный признак фамилий украинского происхождения.

Сословная принадлежность предков, скорее всего, была крестьянской или казачьей. Фамилии на -ко редко встречались у дворянства (кроме полонизированной шляхты), а массово распространились именно среди простого населения Украины и юга России. Встретить Губеко можно в Краснодарском крае, Ростовской области, а также в Беларуси и на востоке Украины — там, куда переселялись люди с запада в ходе колонизации Дикого поля.

Если ваши предки носили эту фамилию, ищите следы не в центральной России, а в документах по Черниговской, Киевской или Подольской губерниям, а также в польских метриках Галиции. Фамилия редкая, но её носители — это потомки тех, кто когда-то ушёл из небольшого местечка Губе в поисках лучшей доли.