Фамилия Губейдуллина — женская форма от мужской фамилии Губейдуллин, которая в свою очередь образована от арабского имени Губейдулла. Разбирать её стоит не с корня, а с модели: это типичная тюрко-татарская фамилия на -ин, где суффикс указывает на принадлежность к роду. В русском языке такой суффикс обычно передаёт отношение к отцу (как в фамилиях Пушкин, Репин), но в татарской и башкирской традиции он закрепился как стандартный способ русификации фамилий, особенно в XIX–XX веках.

Исходное имя Губейдулла — это диалектная или фонетически упрощённая форма арабского имени Убайдулла (عبيد الله), что значит «маленький раб Аллаха» или «служка Божий». В исламской ономастике приставка «убейд» (уменьшительная форма от «абд» — раб) подчёркивает смирение перед Всевышним. В татарском и башкирском языках звук «у» в начале мог перейти в «г» под влиянием местного произношения, отсюда и форма Губейдулла.

Фамилия распространена в основном среди татар и башкир, особенно в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях, куда переселялись поволжские тюрки. Встречается и у казахов, но реже — у них чаще используют патронимические окончания -улы/-қызы.

С точки зрения словообразования, Губейдуллина стоит в ряду однокоренных фамилий: Убайдуллин, Убейдуллин, Губайдуллин. Разница между ними — в огласовке первого слога и в степени арабизации. Губайдуллин — более «книжная» форма, близкая к арабскому оригиналу, тогда как Губейдуллин — народный вариант, где гласный «а» редуцировался до «е» или «и». Этот нюанс часто сбивает с толку при поиске предков: в метрических книгах одну и ту же семью могли записать по-разному.

Социальный контекст: фамилии на -ин у татар и башкир появились в основном после введения всеобщей переписи и паспортизации в Российской империи в конце XIX века. Носители фамилии Губейдуллин, скорее всего, были крестьянами или мещанами, но незнатное происхождение не мешало им сохранять имя с явным религиозным оттенком — в мусульманской среде такие имена давали, желая ребёнку благочестия.