Фамилия Губейдуллин — типичный пример того, как русская письменность закрепила арабское имя через тюркское посредничество. В основе лежит мужское личное имя Губейдулла, которое восходит к арабскому «Убайдулла» (عبيد الله) — «маленький раб Аллаха», «служка Божий». В исламской традиции такие имена с корнем «абд» (раб) считались смиренными и богоугодными, их давали в знак покорности Всевышнему.

Словообразовательная модель проста и прозрачна: к основе Губейдулл- добавлен русский патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Губейдуллы). В тюркских языках, откуда имя пришло в русскую среду, начальное «у» часто переходило в «гу» под влиянием местной фонетики — так «Убайдулла» превратился в «Губейдулла». В некоторых говорах встречается и вариант Губайдуллин, с заменой «е» на «а» — это диалектное явление, а не ошибка.

Географически фамилия плотнее всего привязана к Татарстану, Башкортостану и Оренбуржью — регионам, где веками живут татары и башкиры. Среди носителей много потомков мулл, учителей медресе и зажиточных крестьян, поскольку имя Губейдулла было распространено в среде духовенства и образованных слоёв. В дореволюционных метрических книгах фамилия почти не встречается у крепостных крестьян центральной России — это маркер волго-уральского происхождения.

Спорных версий у фамилии практически нет: арабский корень и татарский путь заимствования очевидны. Иногда пытаются связать её с тюркским «гюбей» (горб) или «гюбек» (пупок), но это ложная этимология — в слове нет ни фонетического, ни смыслового совпадения с исходным именем.

Сравните с однокоренными фамилиями: Губайдуллин, Убайдуллин, Абдуллин — все они образованы от разных форм того же арабского корня «абд», но с разными уточняющими частями (Убайд, Абд). Губейдуллин стоит ближе к уменьшительной форме, что подчёркивало молодость или нежность носителя имени.