Фамилия Губичев — и её форма множественного числа Губичевы — образована по стандартной для русских фамилий модели: от прозвища через патроним (отчество). В основе лежит прозвище Губа. Сама фамилия Губичев — это отчество второго порядка: Губичев буквально значит «внук Губы» (сын Губича). Суффикс -ич указывал на принадлежность к роду, а затем -ев добавился при оформлении фамилии.

Прозвище Губа могло возникнуть по двум разным причинам. Первая и самая очевидная — внешность: «губа» как часть лица. Так могли назвать человека с пухлыми, отвислыми или необычной формы губами. В русских говорах слово «губа» имело и переносные значения: «наглец», «обидчик» (от «губить»), что тоже могло стать источником прозвища. Вторая версия связана с омонимом: в северных и центральных диалектах «губа» означала «залив», а в древнерусском языке — «округ, уезд, владение» (отсюда «губной староста»). В таком случае прозвище Губа мог получить человек, живший на берегу морского залива, либо тот, кто управлял губой — административной единицей. Эта версия менее вероятна для фамилии Губичев, так как прозвища по административным должностям обычно давали не в уменьшительной форме, но исключать её полностью нельзя.

Написание фамилии через -ич- (а не через -ов- или -ин) указывает на её происхождение из северных или центральных областей России, где патронимы на -ич были особенно распространены. В южных и западных регионах чаще встречались формы на -енко, -ук, -ов. Фамилия Губичев не относится к числу очень частых, но её однокоренные «родственники» — Губин, Губкин, Губанов — встречаются повсеместно. Разница в суффиксах как раз и отражает разные способы образования: Губин — прямое отчество от Губы, а Губичев — более сложная, «двухступенчатая» форма.

Точное время возникновения фамилии установить сложно. Массовое закрепление фамилий в России происходило в XVI–XVII веках, но отдельные прозвища и отчества могли существовать и раньше. Без конкретных записей в писцовых книгах или ревизских сказках говорить о единой дате или месте нельзя — фамилия могла возникнуть независимо в разных регионах.