Фамилия Губор — редкий случай, когда носитель русского окончания (-ов) встречается с основой, которая явно не славянского происхождения. Если отбросить фамильный суффикс, остаётся корень «Губ-», который в русском языке обычно связан со словом «губа» (часть лица) или с глаголом «губить». Однако в случае фамилии Губор эти версии маловероятны: суффикс -ор нехарактерен для русских прозвищ, образованных от таких основ. Скорее всего, перед нами фамилия, возникшая на стыке культур.

Наиболее правдоподобное объяснение — еврейское происхождение. Фамилия Губор могла быть образована от идишского или немецкого слова «Gubor» или «Gubber», что в разных диалектах означало «крестьянин», «земледелец» или «грубый человек». В черте оседлости Российской империи (современные Украина, Беларусь, Польша) такие фамилии нередко давали по роду занятий или характерным чертам. Суффикс -ов в этом случае — чисто русское окончание, добавленное при адаптации фамилии в документах (паспортах, ревизских сказках) для приведения к стандартной модели.

Вторая версия, хоть и менее вероятная, но не исключённая — связь с немецкой фамилией Gubor, которая могла попасть в Россию вместе с переселенцами-колонистами (например, немцами Поволжья). В немецком языке «Gubor» не имеет прямого значения, но может быть вариантом фамилии Gubbe (от личного имени) или топонимическим прозвищем от названия местности.

Географически фамилия Губор встречается крайне редко. В современных базах данных и телефонных справочниках её носители фиксируются в основном на юге России и в восточных областях Украины — это косвенно подтверждает версию о происхождении из черты оседлости. Из-за редкости фамилии не существует устойчивых легенд или известных исторических личностей с такой фамилией — это типичная «единичная» фамилия, которая могла возникнуть в одном конкретном месте и не распространиться широко.