Фамилия Гудаковская — отчётливо польского или западнорусского образца. Формант -ский/-цкий в сочетании с основой, оканчивающейся на -ов, выдаёт типичную модель польской шляхетской или белорусской фамилии, образованной от названия имения или местечка. Проще говоря, первый носитель фамилии, скорее всего, был владельцем или уроженцем поселения с названием вроде Гудаково или Гудаков. Таких топонимов несколько в Польше (Gudaków) и в западных областях Беларуси, где топонимический суффикс -ов- обычен.

Корень фамилии — «Гуд-». Здесь возможны два пути. Первый и самый прямой: литовское или балтское имя Гудас (Gudas) — так поляки и белорусы называли литовца, представителя балтского племени. В эпоху Речи Посполитой это было обычное прозвище для человека, переселившегося с литовских земель или говорившего по-литовски. Второй вариант — от южнославянского «гудати» (играть на гуслях, гудеть) или от глагола «гудеть» в русских говорах, но для фамилии на -ский такое объяснение менее вероятно: прозвища музыкантов обычно давали в форме Гудок, Гуда, а не через топонимический суффикс.

С точки зрения сословной истории, фамилии на -ский в XVII–XVIII веках в Речи Посполитой и на западе Российской империи были маркером шляхетского происхождения, хотя позже их могли принимать и крестьяне при переходе от прозвищ к официальным фамилиям. Гудаковские, скорее всего, принадлежали к мелкой шляхте или однодворцам, чьи предки владели небольшим хутором или застенком с названием Гудаково.

Встречается фамилия преимущественно в западных регионах — на границе нынешних Польши, Беларуси и Украины, а также в Литве. В русских переписях XIX века она редка, что подтверждает её западное происхождение. В написании путаницы почти не бывает: Гудаковский (мужской вариант) и Гудаковская (женский) — форма устойчивая, без вариантов вроде Гудаковцев или Гудаков.