Фамилия Гугенот — редкий случай, когда прозвище не просто перешло в фамилию, а сохранило прямую отсылку к европейской истории. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от крестильных имён, профессий или черт характера, Гугенот происходит от названия французских протестантов XVI–XVII веков — гугенотов. Прозвище могли дать человеку, который по каким-то причинам ассоциировался с этой группой: либо он сам был выходцем из семьи французских протестантов, бежавших в Россию после Варфоломеевской ночи или отмены Нантского эдикта, либо окружающие иронично сравнивали его с гугенотом за религиозность, сдержанность или, наоборот, за упрямство и склонность к спорам.

Слово «гугенот» (фр. huguenot) имеет несколько версий происхождения. Наиболее убедительная связывает его с немецким Eidgenosse («союзник») — так называли участников Женевской конфедерации. В русском языке слово закрепилось через польское посредство, и в XVIII–XIX веках его могли использовать как прозвище для иностранцев или для русских, чем-то напоминавших протестантов. Словарь Б. Унбегауна относит подобные фамилии к группе «исторических прозвищ», которые давались по национальной или конфессиональной принадлежности.

Модель образования проста: основа «гугенот» плюс нулевой суффикс, то есть фамилия осталась неизменённой, без типичных русских окончаний -ов, -ин или -ский. Такое оформление характерно для поздних прозвищ, которые закрепились как фамилии уже в XIX веке, когда процесс фамилизации шёл через прямую фиксацию прозвища. Встречается в основном в южных и западных губерниях Российской империи, где было больше контактов с европейскими переселенцами.

Если предки носили фамилию Гугенот, они могли быть либо потомками реальных беженцев-гугенотов, осевших в России (известны компактные поселения французских протестантов в Петербурге, Москве, а также в Новороссии), либо русскими, получившими это прозвище за внешний вид или поведение. Второй вариант вероятнее: массовых переселений гугенотов в Россию не было, а вот бытовые прозвища по этнонимам — дело обычное. В любом случае фамилия указывает на то, что носитель выделялся на фоне окружения — либо происхождением, либо характером.