Фамилия Гугенотова — редкий случай, когда прозвище прямо указывает на вероисповедание предка. Основа здесь прозрачна: «гугенот» — так во Франции XVI–XVII веков называли протестантов-кальвинистов. В России это слово стало известно в основном после Варфоломеевской ночи 1572 года и последующих гонений, когда часть гугенотов бежала в другие страны, в том числе в Российское государство. Однако, скорее всего, носитель фамилии не был потомком французского дворянина-эмигранта: прозвище Гугенот могли дать русскому человеку, который чем-то напоминал окружающим «чужака» — например, носил бороду клином, был угрюм и набожен или держался особняком. В русской среде слово «гугенот» быстро утратило конфессиональную точность и стало бытовой характеристикой.

Суффикс -ов- типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ или мирских имён, а окончание -а указывает на женскую форму. То есть Гугенотова — первоначально «жена Гугенотова» или «дочь Гугенотова», а мужской вариант — Гугенотов. Такая модель характерна для центральных и северных губерний России, где фамилии на -ов закрепились к XVII–XVIII векам. Встречаемость фамилии крайне низкая: по открытым данным, носители сосредоточены в основном в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает версию о «народном» происхождении, а не о французской иммиграции (которая оставила бы следы в столичных городах или под Москвой).

С точки зрения словообразования фамилия примечательна тем, что основа осталась без русификации: «гугенот» вошёл в неё в оригинальном звучании, без переделки в «Гугонут» или «Гугнатов». Это говорит о том, что прозвище дали люди, знакомые с французским словом через книги или рассказы, — возможно, грамотный священник или приказчик. В словаре русских фамилий Б. Унбегауна подобные случаи (когда иноязычное слово становится прозвищем без адаптации) описаны как редкие, но характерные для эпохи после Смутного времени, когда в Россию хлынул поток иностранных терминов.

Если искать параллели, то однокоренные фамилии — Гугенотов, Гугеноткин, Гугенотский — встречаются единично, и все они явно книжного или семинарского происхождения. Семинаристы нередко получали фамилии по библейским или историческим сюжетам, и «Гугенотов» могло быть дано ученику как намёк на его «еретический» нрав или любовь к спорам. Таким образом, перед нами не столько «французский след», сколько русская бытовая метафора, закрепившаяся в фамилии и сохранившая память о давних религиозных войнах далёкой Европы.