Фамилия Гунденко — характерный пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках массово вытесняла более старые именования. Суффикс -енко в буквальном смысле означал «маленький» или «сын»: Гунденко — сын Гунды. Это не отчество в привычном русском понимании, а указание на происхождение от человека с прозвищем или именем Гунда.

Основа Гунда — самая интересная часть. В украинских говорах слово «гунда» имеет два основных значения. Первое — «гнусавый человек», тот, кто говорит в нос. Второе, более редкое, — «лентяй» или «копуша». Прозвище могли дать за манеру речи или за медлительность. В польском языке слово gędaть означало «ныть, хныкать», что тоже могло повлиять на прозвище в пограничных регионах.

Встречается и версия, что Гунда — это сокращённая форма от крестильного имени Гундеберт (германского происхождения), которое попало в святцы через католическую традицию, но для украинской православной среды это маловероятно. Гораздо правдоподобнее, что прозвище возникло самостоятельно, на бытовой почве.

Фамилия Гунденко распространена преимущественно в центральной и восточной Украине, особенно в Полтавской и Черкасской областях. В России встречается редко, чаще всего у потомков переселенцев с Украины. По сословной принадлежности предки Гунденко — скорее всего, казаки или крестьяне, поскольку именно в этих средах модель на -енко была основной.

Однокоренные фамилии — Гунда, Гундый, Гундарев, Гундоров — показывают, что прозвище было достаточно употребительным. При этом Гунденко — одна из самых «прозрачных» по словообразованию фамилий: корень и суффикс видны сразу, без исторических наслоений.