Фамилия Гундин — одна из тех, что образовались от прозвища, а не от крестильного имени. В её основе лежит прозвище Гунда. Большинство исследователей сходятся на том, что оно связано с глаголом «гундерить» или «гундосить» — говорить в нос, невнятно, гнусаво. Такое прозвище могли дать человеку с характерной манерой речи или с затяжным насморком, который менял голос.

Версия с «гундосить» выглядит правдоподобнее: в русских говорах слово «гунда» означало именно «гнусавый человек» или «плакса». Прозвище было не обидным в современном смысле, а скорее описательным — его давали по заметной внешней или речевой особенности.

Модель образования фамилии простая и типичная для русской ономастики: суффикс -ин указывает на принадлежность. Гундин — «сын Гунды» или «потомок Гунды». Такая модель чаще всего встречалась в северных и центральных регионах России, где притяжательные фамилии на -ин вытесняли более южные формы на -ов.

Любопытно, что у фамилии Гундин есть редкий омофон — фамилия Гундин с ударением на первый слог, но это уже другое образование, от слова «гунд» (вид болезни лошадей) или от тюркского имени Гунды. Однако для русского уха и письменной традиции основная версия остаётся «речевой».

Фамилия встречается нечасто, но стабильно — её фиксируют переписи в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает её прозвищное происхождение: именно в этих краях диалектное слово «гунда» было в ходу дольше всего.