Фамилия Гундаев — один из тех случаев, где внешне простое звучание скрывает неочевидную основу. В отличие от массы фамилий на -ов, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), здесь корень не церковный, а скорее всего, прозвищный или диалектный.

Самая распространённая версия связывает фамилию с древнерусским словом «гунда» или «гундос». Так в северных и центральных говорах называли человека, который говорит в нос, гнусаво, невнятно. Прозвище Гундай давали тому, у кого была такая особенность речи — либо от природы, либо из-за болезни. Суффикс -ай в русских прозвищах типичен для характеристики по действию или качеству (ср. Ломай, Стреляй, Кричай). От прозвища Гундай и пошла фамилия Гундаев — буквально «сын Гундая» или «потомок того, кого звали Гундаем».

Менее вероятна, но всё же возможна связь с диалектным глаголом «гундеть» — ныть, жаловаться, говорить монотонно. В этом случае значение близкое, но с другим оттенком: прозвище могли дать не за физический дефект речи, а за манеру общения.

В ономастике есть и гипотеза о тюркском следе, но она слабая. Слово «гунда» в тюркских языках встречается редко и в значениях, далёких от антропонимики. Для фамилии, бытующей в русской среде, славянское объяснение выглядит убедительнее.

Географически фамилия Гундаев встречается в центральных областях России, но не массово. Это редкая фамилия, что косвенно подтверждает её прозвищное происхождение: прозвища, данные по индивидуальному признаку, реже становились фамилиями, чем патронимы от популярных имён.

В истории известен один носитель — митрополит Кирилл (в миру Владимир Михайлович Гундаев). Его фамилия — не вымышленная и не псевдоним, а родовая, что делает её примером сохранения редкого прозвищного корня в XX веке.

Таким образом, предки носителей фамилии Гундаев — скорее всего, люди из крестьянской или посадской среды, получившие прозвище по особенности речи. Фамилия не указывает на знатное происхождение или ремесло, но зато хранит живую черту далёкого предка — его голос.