Фамилия Гуниа — редкий случай, когда географическое происхождение почти не оставляет сомнений, а вот с корнем всё сложнее. Это фамилия с ярко выраженной западно-грузинской (мегрельской) окраской. Характерное окончание -иа (а не -ия) — один из главных маркеров мегрельских фамилий, наряду с -ава, -ури и -дзе. В Грузии такие фамилии массово оформлялись в XV–XVII веках, когда княжеская власть и церковь фиксировали роды. Поэтому первый и самый вероятный ответ: предки носителя фамилии Гуниа — мегрелы, выходцы из исторической области Самегрело (запад Грузии).

Теперь о корне. В мегрельском языке слово «гуни» (გუნი) означает «куча», «груда», «насыпь». В таком случае прозвище Гуна мог получить либо крепкий, коренастый человек (как «глыба»), либо тот, кто жил у земляного вала или кургана. Вторая версия выводит фамилию из абхазо-адыгских языков, где схожие основы означают «гнездо» или «род». Для мегрельского пограничья с Абхазией такое заимствование прозвищ — обычное дело. Третья гипотеза, более слабая, — от греческого «гюне» (женщина), но она не объясняет, почему прозвище прижилось именно в западногрузинской среде.

Суффикс -иа в мегрельских фамилиях — это не русский патроним, а показатель принадлежности: «из рода такого-то». То есть Гуниа — «из рода Гуна». В русских документах XIX века такие фамилии часто искажали, добавляя окончание -ов или -ев (Гуниев), но в исконном виде фамилия сохранилась у носителей, которые не уходили далеко от родных мест. Встречается она преимущественно в Грузии и в абхазской диаспоре, за пределами Кавказа — редкость. Сословно предки могли быть как крестьянами (азнаури), так и мелкими князьями: в Мегрелии фамильная приставка не всегда указывала на знатность.

Итак, если вы Гуниа, ваш род почти наверняка из западной Грузии, а прозвище предка могло описывать его внешность (коренастый) или место жительства (у насыпи). Никакой связи с русскими фамилиями на -ин здесь нет — это совершенно другая словообразовательная модель.