Фамилия Гуницкая отсылает к географическому названию — в этом её главная особенность. Формант -ск(ий) в русских фамилиях почти всегда указывает на происхождение от имени места: села, города, усадьбы. Основа Гуниц- могла возникнуть от названия населённого пункта вроде Гуница, Гуничи или Гунино. Такие топонимы встречаются в западных и южных регионах бывшей Российской империи, особенно на территории современной Беларуси и Украины, где распространены названия с корнем гун-.

Корень гун- имеет несколько возможных значений. В диалектах русского и украинского языков «гуня» — это старая, изношенная одежда, рубище, иногда так называли грубую ткань. Прозвище Гуня мог получить неряшливый или бедно одетый человек, но не менее вероятно, что слово служило названием села по какой-то местной примете — например, по болотистой почве или особенности строений. Вторая версия связывает корень с древним личным именем Гун (сокращение от Гуннар или славянского Гуневой), но для фамилий на -ский такой путь образования менее типичен.

Форма Гуницкая — женский вариант фамилии, который в дореволюционной России закреплялся за женщинами в семье, а мужской вариант — Гуницкий. Носители этой фамилии, скорее всего, принадлежали к мелкопоместному дворянству или духовенству, поскольку фамилии на -ский в XVIII–XIX веках часто получали выпускники семинарий и выходцы из шляхты, бравшие фамилию по месту службы или владения. Встречается Гуницкая и у потомков крестьян, переселившихся в город и записанных по названию родной деревни.

По данным современных справочников, фамилия редкая, сконцентрирована в основном в западных областях России и на Украине. Встречаются варианты написания с одной «н» (Гуницкая), что не меняет этимологии. Сравните с более известными однокоренными фамилиями: Гунин, Гунько, Гунский — все они восходят к той же основе, но образованы разными суффиксальными моделями.