Фамилия Гусаинова — женская форма, а мужская, Гусаинов, образована от личного имени Гусаин. Это один из вариантов передачи арабского имени Хусейн, которое в исламской традиции носил внук пророка Мухаммеда. Имя Хусейн означает «хороший», «красивый», «добрый». В тюркских языках, особенно у татар, башкир и народов Кавказа, звук «х» часто заменялся на «г» или «к», поэтому Хусейн превратился в Гусейна, а в некоторых диалектах — в Гусаина. От этой формы и пошла фамилия.

Модель образования типична для русской среды: к основе Гусаин добавили патронимический суффикс -ов, который указывает на принадлежность («сын Гусаина»). Это говорит о том, что предок носителя фамилии, скорее всего, жил в районах активного смешения тюркского и русского населения — в Поволжье, на Урале или в Закавказье, где фамилии на -ов и -ев охотно присваивали татарам, башкирам и азербайджанцам.

Интересная деталь: у фамилии есть однокоренные «родственники» — Гусейнов, Гусейнов, Гусаинов. Разница в написании (Гусейнов через «е» и Гусаинов через «а») отражает местные произносительные нормы. В татарском языке, например, имя могло звучать как «Гөсәен», что ближе к форме Гусаин. Поэтому Гусаиновы чаще встречаются среди татар и башкир, тогда как Гусейновы — среди азербайджанцев и народов Дагестана.

По сословной принадлежности предки Гусаиновых могли быть как крестьянами, так и купцами или духовными лицами — имя Хусейн почитается у мусульман-шиитов, но встречается и у суннитов. Точных данных о распространённости фамилии в дореволюционных документах нет, но в современной России она встречается в Татарстане, Башкортостане и Челябинской области.