Фамилия Гущакова — женская форма фамилии Гущаков. Её основа — прозвище или нецерковное имя Гущак, которое, скорее всего, связано с диалектным словом «гуща». В разных говорах «гуща» означала и заросли, чащу, и густой суп или кашу, и осадок в жидкости. Поэтому круг возможных занятий или качеств человека, получившего такое прозвище, широк: от лесного жителя или плотника, работавшего в чаще, до любителя сытной еды или человека, занимавшегося отстаиванием жидкостей (например, при варке мёда или пива).

Суффикс -ак в основе Гущак типичен для русских прозвищ, обозначающих человека по характерному признаку (ср. Чудак, Добряк). А суффикс -ов в окончании фамилии — стандартный патронимический (отвечающий на вопрос «чей?»): Гущаков буквально означает «сын Гущака». Фамилия образована по продуктивной модели, поэтому её носители могли быть крестьянами или посадскими людьми из центральной России или Поволжья, где слово «гуща» в значении «чаща» особенно распространено.

Обращает на себя внимание редкий вариант ударения. В фамилии Гущакова оно обычно падает на второй слог (Гущако́ва), что характерно для фамилий на -аков. Однако в некоторых говорах ударение могли ставить на первый слог (Гу́щакова), если прозвище произошло от «гуща» в значении «чаща» — с ударением на корень. Спор о происхождении здесь невелик: обе версии сводятся к одному корню, и разница лишь в том, какое именно значение «гущи» закрепилось за родоначальником.

В документах фамилия встречается нечасто, что говорит о её локальном бытовании. Сравните с однокоренными фамилиями Гущин (от «гуща» через суффикс -ин) и Гуща (без суффикса) — они намного распространённее. Гущакова же сохранила более архаичную словообразовательную модель, что делает её ценным свидетельством живой русской диалектной речи.