Фамилия Густера — редкий пример, где основа, скорее всего, происходит не от имени или профессии, а от прозвища, связанного с рыбой. В русских говорах «густерой» называют небольшую рыбу семейства карповых, близкую к лещу. Прозвище могли дать человеку за внешнее сходство: худощавому, вертлявому или, напротив, с широким, «плоским» лицом. Впрочем, в некоторых диалектах слово имело и переносное значение — «плакса» или «нытик», так что не исключён и вариант, основанный на характере.

Словообразовательная модель здесь нестандартная. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, которые образуются через суффиксы принадлежности (-ов, -ин, -ский), фамилия Густера застыла в форме именительного падежа — это так называемая «акающая» или прозвищная фамилия. Такие фамилии (Сорока, Шуба, Густера) чаще встречаются на Украине и в южнорусских областях, где была сильна традиция записывать человека по прозвищу без изменений. Это сразу указывает на возможный ареал распространения: скорее всего, предки носителя фамилии жили в чернозёмной полосе России или на Слобожанщине.

Иногда Густеру путают с фамилией Густый, Густов или Густин, но там совсем другая основа — от прилагательного «густой» (густые волосы, густая рожь). В случае с Густерой связь с рыбой прослеживается увереннее: рыбаки, жившие у больших рек (Дон, Днепр, Ока), легко могли наградить таким прозвищем односельчанина. В словаре русских фамилий Б. Унбегауна этот тип (именительный падеж на -а) отмечен как характерный именно для украинской ономастики, что подтверждает южное происхождение фамилии.

Сословно такие прозвища обычно закреплялись за крестьянами и казаками. Дворянских родов с фамилией Густера в дореволюционных родословных книгах не зафиксировано — это верный признак того, что фамилия вышла из простонародья. Сегодня она встречается редко, преимущественно в центральных и южных областях России, а также в восточной Украине.