Фамилия Гузеннова — женская форма от Гузеннов, и в её основе лежит прозвище или нецерковное имя Гузен. Разбирать её стоит с суффикса: -ов- указывает на типичную русскую патронимическую модель («чей?» — сын Гузена), а удвоенное -нн- в корне — редкая черта, которая либо закрепилась в письменной форме из-за диалектного произношения, либо возникла под влиянием фамилий на -енн- (вроде Семеннов).

Корень гуз- в русских говорах многозначен. В северных и сибирских диалектах «гуз» — задняя часть чего-либо, гузка; в псковских и тверских говорах так называли скупого, прижимистого человека. Есть и более прозаичное значение: «гуз» могло быть прозвищем человека с характерной походкой или осанкой. В словаре В. И. Даля зафиксировано слово «гузать» — мешкать, колебаться, откуда «гузня» — нерешительный человек. Таким образом, Гузен — это либо потомок того, кого прозвали за медлительность или скупость, либо человек, чей род происходил из местности, где «гуз» означало мыс или выступ на местности.

Географически фамилия редкая и, судя по архивным данным, преимущественно встречается в Поволжье и на Урале — в Пермской и Вятской губерниях. Это регионы, где активно бытовали прозвищные фамилии от диалектной лексики. Удвоение «н» в суффиксе может указывать на то, что форма Гузеннов закрепилась в документах XIX века, когда писарь или переписчик «усилил» написание для отличия от похожих фамилий (например, Гузенов).

В ономастике нет единого мнения о происхождении этой фамилии. Более правдоподобна версия от прозвища Гузен (человек с особенностью характера или телосложения), чем от тюркского корня (например, от казахского «гуз» — глаз), поскольку ареал бытования фамилии — русские северные и центральные губернии. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, что типично для прозвищных основ.