Фамилия Гузенов образована по самой распространённой в русской ономастике модели — с помощью патронимического суффикса -ов, который указывает на принадлежность: «сын Гузена». Основа фамилии — личное имя или прозвище Гузен. Вопрос в том, что скрывается за этим прозвищем.

Здесь возможны две основные версии, и обе имеют под собой реальную почву. Первая связывает прозвище Гузен с тюркским словом «гуз» (или «куз»), что означает «глаз» или «зрение». В тюркских языках это слово могло дать прозвище зоркому, внимательному человеку, либо, в переносном смысле, тому, кто «видит насквозь». Учитывая, что фамилии на -ов в среде тюркских народов, особенно татар и башкир, не редкость (в результате обрусения), эта версия выглядит вполне правдоподобной для южных и восточных регионов России.

Вторая, не менее вероятная версия, — чисто русское происхождение от слова «гузно» (или «гузёнка»). В старину «гузно» означало заднюю часть тела, задний проход, а также нижнюю часть снопа (комель). Прозвище Гузен могли дать человеку с какой-то особенностью телосложения либо, что чаще в крестьянской среде, тому, кто занимался обмолотом или укладкой снопов — то есть имел дело с «гузном» снопа. Прозвища по частям тела и по работе были обычным делом, и «Гузен» — не исключение. В этом случае фамилия уходит корнями в северные и центральные губернии России.

Суффикс -ен в основе (Гуз-ен) — характерная деталь. Он может быть как уменьшительно-ласкательным (Гузен = маленький Гуз), так и просторечным вариантом оформления прозвища. Важно, что фамилия Гузенов не имеет отношения к украинской модели на -енко или польской на -евич; это чисто русская форма с суффиксом принадлежности. Встречается она преимущественно в Поволжье, на Урале и в Сибири, что указывает на возможное смешение тюркской и русской версий в этих регионах. Однозначно сказать, был ли первый Гузен зорким татарином или русским крестьянином с характерным прозвищем, нельзя — обе линии имеют равное право на существование.