Фамилия Гузенков строится по распространённой русской модели: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), а часть Гузенк- — это основа, которая восходит к прозвищу или мирскому имени Гузеня (или Гузенка). Такая форма с суффиксом -енк- характерна для украинского и южнорусского имясловия: она означала «маленький», «сын» или «младший» (сравните с фамилиями Гузенко, Коваленко). Таким образом, Гузенков — это русифицированный вариант украинской фамилии Гузенко: носитель был либо выходцем с Украины, либо потомком человека, которого в русской среде называли «Гузенков сын».

Сама основа Гуз (Гузеня) неоднозначна. Самое прямое объяснение — от слова «гузка» (задняя часть птицы, хвост) или «гузно» (зад, задняя часть тела). В диалектах «гузом» называли нижний, широкий конец бревна или дерева. Отсюда прозвище Гуз могли дать коренастому, плотному человеку или тому, кто работал с древесиной.

Есть и другая версия, связанная с промыслом. В северных говорах «гуза» — это корма судна или лодки. Тогда прозвище Гуз мог получить либо рыбак, который сидел на корме, либо мастер по ремонту морских судов. Эта версия менее распространена, но имеет право на существование, особенно если фамилия встречается в регионах, близких к водным путям.

Точное время возникновения фамилии Гузенков назвать сложно: процесс формирования фамилий в разных слоях населения шёл с XVI по XIX век. Однако, учитывая украинский суффикс -енк- в основе, можно предположить, что в русскую среду фамилия попала не раньше середины XVII века, когда начались массовые переселения с Украины на южные и юго-восточные земли России.