Фамилия Гындунов — редкая, и её разбор требует обращения к диалектной и тюркской лексике. Основа фамилии — слово «гындун» или «гындан». В говорах русского севера и Сибири «гындан» — это большая деревянная чаша, корыто, иногда долблёная колода для корма скота. Человек мог получить прозвище Гындун за внешнюю массивность, неторопливость или за то, что делал такую утварь — бондарь или плотник, специализировавшийся на крупных долблёных изделиях.

Суффикс -ов самый распространённый в русских фамилиях, он указывает на принадлежность: «сын Гындуна» или «из семьи Гындуна». Модель образования типична для крестьянских и мещанских фамилий центральной России и Поволжья, где прозвища часто переходили в фамилии без изменений.

Однако есть и вторая версия, связанная с тюркскими языками. В башкирском, татарском и казахском языках есть корень «гын» (произносится с твёрдым «г»), означающий «рана», «болячка», а также «нарыв». В таком случае прозвище Гындун могло быть дано человеку с заметным шрамом или кожным заболеванием. В пользу этой версии говорит и то, что фамилия встречается у татар и башкир, хотя в их среде более типично окончание -ов, а не тюркские патронимические суффиксы. Первая, славянская версия кажется более правдоподобной для русских носителей фамилии: прозвище от предмета обихода — самая частая причина появления необычных русских фамилий.

Географически фамилия Гындунов тяготеет к Уралу и Западной Сибири — в этих местах слово «гындан» в значении «корыто» или «долблёное ведро» фиксируется диалектологами. В центральных областях России фамилия почти не встречается. Это косвенно подтверждает, что предки Гындуновых были выходцами из северных или сибирских регионов, где бондарное дело и лесные промыслы играли большую роль.