Фамилия Гендунов — один из тех случаев, когда за русским суффиксом скрывается нерусская, скорее всего, тюркская или монгольская основа. Разбирать её стоит не с корня, а с географии: фамилия редкая и явно восточная по происхождению, с высокой вероятностью бурятская или калмыцкая.

Суффикс -ов указывает на русскую модель оформления фамилии, которой в XVIII–XIX веках часто следовали народы, входившие в состав Российской империи. Основа Гендун — это мужское личное имя. В бурятском и калмыцком языках имя Гендун (варианты: Гандан, Генден) восходит к тибетскому dge-’dun, что означает «духовная община» или «монашеская община» (в буддийской традиции санскритский термин сангха). Имя это было распространено среди буддийских лам и мирян, особенно в Забайкалье и Калмыкии.

Таким образом, первый носитель фамилии Гендунов — это, скорее всего, человек по имени Гендун, которого в документах русской администрации записали по отцу: «Гендунов» буквально значит «сын Гендуна». Прямой связи с ремеслом или прозвищем нет — это типичная патронимическая фамилия от личного имени.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования разбираются в контексте фамилий нерусского происхождения, где основа — имя, а русский суффикс — лишь способ адаптации. Споров вокруг этимологии почти нет: версия с буддийским корнем — единственная убедительная. Альтернативные гипотезы (например, от тюркского «гендун» как искажённого «кендун» — «поздний») слабы и не подкреплены ни географией бытования, ни историческими записями.

Встречается фамилия в основном в Бурятии, Забайкальском крае и Иркутской области, реже — в Калмыкии. Среди носителей не так много широко известных фигур, но это не умаляет её ценности: Гендуновы — потомки людей, чьи имена несли сакральный буддийский смысл, а сама фамилия — живое свидетельство того, как разные культуры скрещивались в российском ономастиконе.