Фамилия Гендугов — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы разобраться, нужно оттолкнуться от суффикса и возможной географии. Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель («чей?» — «сын такого-то»), но сама основа Гендуг в русском языке ничего не значит. Это почти наверняка указывает на тюркское или кавказское происхождение прозвища или имени, от которого фамилия образована.

Самая правдоподобная версия связывает фамилию с тюркскими языками, например, с кумыкским или ногайским. В них основа «генду» или «гендю» может восходить к слову со значением «широкий», «обширный» или «просторный». В таком случае Гендуг — прозвище человека, возможно, крупного телосложения или того, кто владел большими землями. Суффикс -ов просто русифицировал это прозвище, когда предки носителя фамилии вошли в состав Российского государства и получили фамилию по отцу.

Есть и другая, более локальная версия — осетинская. В осетинском языке встречается имя Гендуг, которое, по некоторым предположениям, может быть связано с понятием «сила» или «мощь». Однако стоит оговориться: осетинские фамилии чаще оформляются суффиксами -ты/-ти или -он, а не -ов, поэтому эта версия менее вероятна для фамилии Гендугов, хотя и не исключена полностью.

Географически фамилия тяготеет к Северному Кавказу, в частности к Ставропольскому краю и республикам региона, где исторически жили тюркоязычные народы. Встречается она и среди терских казаков, что объяснимо: казачество активно вбирало в себя выходцев из местных народов. Никаких сведений о дворянском происхождении или массовом распространении фамилии нет — это типичная фамилия крестьянского или казачьего сословия, закрепившаяся за одним из родов.