Фамилия Гендунова — женская форма мужской фамилии Гендунов, которая образована по самой распространённой в русском языке модели: от прозвища или имени с помощью суффикса -ов. Но здесь есть тонкость: основа Гендун — нестандартная, и её происхождение вызывает вопросы.

Самая вероятная версия — тюркская. Корень «генд» или «кенд» в тюркских языках означает «город», «селение» (сравните с «Самарканд», «Ташкент»). Суффикс -ун мог указывать на принадлежность или отношение к чему-то: Гендун — буквально «городской», «сельский», либо «житель такого-то места». В таком случае фамилия могла закрепиться за выходцем из определённого поселения. Возможна и связь с личным именем Гендун — у некоторых тюркских народов так называли мальчиков, желая им удачи или связи с родной землёй.

Вторая версия — иранская, хотя она менее распространена. В осетинском языке есть слово «гендун» (вариант «хъæндун») — «мешок» или «кожаный бурдюк». Прозвище Гендун могли дать человеку за полноту, медлительность или, наоборот, за то, что он носил с собой что-то объёмное. Но для русских фамилий такая основа редка и, скорее всего, локальна.

С точки зрения географии, фамилия Гендунова встречается в основном на Кавказе и в южных регионах России — в частности, среди осетин, ингушей, чеченцев и кумыков. Это не случайно: именно там тюркские и иранские элементы смешивались с русской фамильной моделью. В центральной России фамилия почти не фиксируется.

Что касается социального контекста: суффикс -ов указывает, что носитель фамилии, скорее всего, был из крестьян или казаков. В дворянской среде такие фамилии тоже встречались, но реже — там чаще использовали -ский или -ин с иной основой. Поскольку фамилия не княжеская и не боярская, её носители — люди, чьи предки получили прозвище по месту жительства, занятию или внешности, а затем передали его детям.

В написании «Гендунова» ударение обычно падает на второй слог — Ген-ду́-но-ва. Вариант с ударением на первый слог возможен в диалектах, но он менее типичен. Фамилия звучит твёрдо и не имеет двойников среди распространённых русских фамилий — это делает её легко узнаваемой.