Фамилия Гюрджиев — один из тех случаев, когда прозвище прямо указывает на национальность предка. В основе лежит тюркское слово «гюрджи» (gurdzi), которое у народов Османской империи и Крымского ханства означало «грузин». Соответственно, первого носителя прозвища, скорее всего, действительно звали Гюрджи — либо потому, что он был выходцем из Грузии, либо из-за внешнего сходства или связей с этой землёй.

Модель образования фамилии проста и типична для русского ономастикона: к основе Гюрджи добавился патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Гюрджиев). Это говорит о том, что фамилия закрепилась в русскоязычной или русифицированной среде, хотя её корни уходят в тюркскую и кавказскую языковую зону. Встречается фамилия и в варианте Гюрджян — с армянским суффиксом, что подтверждает её широкое бытование на Кавказе и в Закавказье.

Само слово «грузин» имеет неясное происхождение. Одна из версий возводит его к греческому названию Грузии как «страны земледельцев», другая связывает с именем святого Георгия, особо почитаемого в этой стране. В любом случае, фамилия Гюрджиев — редкий пример, когда этноним сохранился не в привычной русской, а в тюркской огласовке, что делает её особенно интересной для историков и этимологов.