Фамилия Иешкин образована по стандартной русской модели: к основе Иеш- добавился суффикс принадлежности -ин, указывающий на то, что перед нами «сын» или «потомок» человека по имени Иешка. Основа Иеш- — это уменьшительная форма библейского имени Исаак. Само имя Исаак восходит к еврейскому Yitzchaq, что означает «он смеётся». Потомок человека по имени Исаак со временем и получил фамилию Иешкин.

Однако это не единственная версия. Менее вероятно, что Иешка — производная форма имени Яков (с древнееврейского «последователь», «второй по рождению»). Также нельзя исключать, что Иешка — краткая форма имени Иероним, которое в переводе с греческого означает «священноименный». В некоторых диалектах имя Иешка звучало как Иёшка. Есть предположение, что именование восходит к еврейскому имени Иешуа — усечённой форме Йехошуа со значением «Господь есть Спасение». Йехошуа — одно из самых распространённых еврейских имён, его давали в память об ученике Моисея и завоевателе Земли Израильской Йехошуа бин Нун (в русской синодальной Библии — Иисус).

Существует и вовсе экзотическая гипотеза, связывающая фамилию с верховным польским языческим божеством Иеша. По мнению некоторых исследователей, Иеша был подобен русскому Перуну — богу, повелевающему громом и молнией. Историк Б. Рыбаков выводил имя Иеша от польского «jaze» (змея) и русского «ящер», поскольку божество якобы принимало облик змея. Некоторые видят в этом имени связь с римским Юпитером. Версия о происхождении фамилии от названия немецкого города Иена выглядит совсем надуманной: топонимические фамилии с суффиксом -ин обычно образуются от названий на -а/-я (Москва — Москвин, Тула — Тулин), а не от названий на согласный.

Наиболее правдоподобное объяснение — самое простое: Иешкины — потомки человека, которого в быту звали уменьшительным Иешка от имени Исаак. Это типичный пример народной адаптации библейского имени, которая закрепилась в фамилии.