Фамилия Игнаткин образована от имени Игнатий, которое восходит к латинскому «ignis» — «огонь». На Руси имя пришло вместе с христианством и быстро прижилось, но в повседневной речи его переделали на свой лад: полное Игнатий звучало слишком официально, а уменьшительная форма Игнатка оказалась удобной и ходовой. Именно от неё и пошла фамилия: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Игнаткин — буквально «сын Игнатки», «потомок Игнатки».

Иногда встречается другая версия перевода — «неведомый» (от латинского ignotus), но она менее убедительна: в русской ономастике закрепилась именно трактовка, связанная с огнём. В любом случае, основа фамилии — просторечная форма имени, а не его книжный вариант, что типично для крестьянской и мещанской среды. Дворяне чаще носили полные формы (Игнатьев), а вот Игнаткины — это, скорее всего, люди из простонародья, где имя сокращали для удобства.

С точки зрения словообразования фамилия проста: корень Игнат-, суффикс -к- (указывает на уменьшительность) и притяжательный суффикс -ин. Такая модель — одна из самых распространённых в русских фамилиях (сравните: Петька → Петькин, Васька → Васькин). Географически Игнаткины встречаются по всей центральной России, но чаще — в бывших вотчинах и сёлах, где было много Игнатиев. В некоторых говорах форму Игнатка могли произносить с ударением на последний слог, что иногда отражалось в написании, но фамилия пишется единообразно.

Если ваш предок носил фамилию Игнаткин, скорее всего, он был крестьянином или ремесленником, а его деда или отца в обиходе звали просто Игнаткой. Никакого тайного смысла или прозвища за этим не стоит — только живой язык, который переделал церковное имя в домашнее, а домашнее закрепил в официальной фамилии.