Фамилия Игнаткова — женская форма, образованная от мужской Игнатков. В основе лежит народная форма крестильного имени Игнатий, которое пришло на Русь из латыни со значением «огненный». Существует и более редкое толкование — «неведомый», но первая версия встречается в ономастических справочниках чаще. От полного церковного имени Игнатий в быту образовалась сокращённая форма Игнатка — именно она и стала основой для фамилии.

Словообразовательная модель здесь простая: к основе Игнатк- добавился суффикс -ов-, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Игнатки), а окончание -а — женский род. Такая модель типична для русских фамилий, закрепившихся в XIX веке у крестьян и мещан. Суффикс -к- в основе (Игнатка) говорит о том, что имя бытовало в простонародной, разговорной среде: так называли не по святцам, а в быту, сокращая длинное церковное имя.

Скорее всего, основатель рода Игнатковых был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Фамилии на -ов/-ев в этой среде стали массово оформляться после отмены крепостного права, когда крестьянам потребовались официальные документы. Потомок человека по имени Игнатка со временем получил фамилию Игнатков, а его дочь или жена — Игнаткова.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России, где имя Игнатий было особенно распространено. Встречаются и однокоренные варианты — Игнатов, Игнаткин, Игнатьев, но Игнаткова выделяется именно разговорным суффиксом -к-, который реже встречается в дворянских фамилиях. Эта деталь сразу указывает на социальное происхождение рода: перед нами не древний боярский род, а фамилия, возникшая в народной среде.