Фамилия Игнациус — редкий для России пример балтийского варианта имени Игнатий. В отличие от привычных русских форм Игнатов, Игнатьевых или Игнатиков, суффикс -ус выдаёт в ней латинизированную огласовку, типичную для фамилий, сложившихся в Прибалтике, особенно среди образованных слоёв немецкого и шведского происхождения. Основа та же: латинское ignis — «огонь», откуда Ignatius — «огненный, пламенный».

Носители этой фамилии в Российской империи — чаще всего потомки остзейских немцев, пасторов, врачей и чиновников. Один из самых ярких примеров — Игнациус Отто Фридрих (1794–1824), живописец, поэт и композитор. Он родился в Гейгерсе (Эстляндия, близ Ревеля) в семье пастора, приехал в Петербург и добился места придворного живописца. Его судьба показывает, как фамилия, звучащая по-латыни, маркировала принадлежность к культурной элите прибалтийских губерний.

Православная традиция связывает имя Игнатий с Игнатием Богоносцем — священномучеником первых веков христианства. По преданию, именно этого младенца Иисус взял на руки, назвав символом невинности. Позже апостолы поставили Игнатия во главе церкви в Антиохии, где он правил 40 лет. Во время гонений при императоре Траяне его в цепях отправили в Рим и бросили на растерзание диким зверям в амфитеатре. Ученики собрали останки и увезли в Антиохию.

Вероятно, предки носителей фамилии Игнациус получили её при крещении или в школе: в лютеранских приходах Прибалтики имя Игнатий нередко записывали в латинизированной форме Ignatius. Со временем эта запись закрепилась как фамильное прозвание, которое отличало семью от множества Игнатовых и Игнатьевых вокруг.