Фамилия Ихненко — типичный образец украинской модели фамилии, где суффикс -енко указывает на происхождение: «сын такого-то» или «потомок». В данном случае основа — личное имя Ихно.

Имя Ихно — это, скорее всего, народная, сокращённая форма церковного имени Игнатий. В переводе с латыни Игнатий означает «огненный». Имя было широко распространено у славян, поскольку в православных святцах числится четырнадцать святых покровителей с этим именем. Самый известный из них — Игнатий Богоносец: по преданию, Иисус Христос брал его на руки, когда тот был младенцем, за что святой и получил своё прозвище.

В украинском языке имя Игнатий часто переходило в уменьшительные формы вроде Игнатко, Гнат, Гнатенко. Форма Ихно — более редкий вариант, возникший на стыке диалектного произношения и бытового сокращения. Суффикс -х- в таких именах (ср. Пахом — Пахно, Михей — Михно) мог заменять часть корня, делая имя более коротким и обиходным.

Есть и альтернативная версия, хотя она менее вероятна. В древнерусской традиции бытовали охранительные имена, образованные от местоимений, например Ихний (в значении «чей-то», «принадлежащий им»). Согласно обычаю, отец мог вынести новорождённого на улицу, а затем внести обратно со словами, что нашёл подкидыша, — чтобы обмануть злых духов и защитить младенца. От такого мирского прозвища Ихний могла возникнуть форма Ихно. Однако большинство ономастов склоняются к версии с именем Игнатий, так как она объясняет фамилию через более массовую и естественную модель — крестильное имя, а не редкое прозвище.

Таким образом, Ихненко буквально означает «сын Ихно», а Ихно — это, с высокой вероятностью, домашняя форма имени Игнатий. Носители фамилии, скорее всего, происходят из украинских земель, где были распространены фамилии на -енко, и их предок носил имя, связанное с «огнём» и святым Богоносцем.