Фамилия Ильчининов — редкий пример, когда прозвищное имя, скорее всего, тюркского происхождения, соединилось с типично русским суффиксом принадлежности. В основе лежит слово «ильчи» или «илчи» — в тюркских языках это «посол», «посланник» или «ходок» (от «иль» — народ, племя). Так могли прозвать человека, который выполнял поручения, ездил с челобитными или торговал между общинами. Форма с конечным -инов указывает, что фамилию создавали по продуктивной русской модели: к основе на -а или -я добавляли суффикс -ин, а затем наращивали -ов, что нередко встречается в фамилиях из восточных регионов (сравните: Абдуллин → Абдуллинов, Муллин → Муллинов). По сути, Ильчининов — это «сын Ильчи» с двойным патронимическим суффиксом, что говорит о позднейшем оформлении фамилии, когда исходное прозвище уже забылось.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с крестильным именем Илья через форму Ильча (Ильчи) — уменьшительное от Илья. Тогда Ильчининов означало бы «внук Ильчи», то есть потомка человека по имени Илья. Однако такой путь образования менее типичен: от Ильи обычно получались фамилии Ильин, Ильичев, Ильинский. Форма Ильчининов тяготеет к прозвищной, а не к канонической основе.

Географически фамилия привязана к регионам, где русское население долго и плотно контактировало с тюрками: Поволжье, Приуралье, юг Сибири. В дореволюционных метрических книгах Ильчининовы встречаются среди крестьян и мещан Казанской, Симбирской и Оренбургской губерний. Сословно это почти всегда податное сословие — никаких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Редкость фамилии объясняется тем, что прозвище Ильча (посол) не было массовым, а двойной суффикс -инов закрепился лишь в нескольких семьях.

Для этимолога фамилия интересна тем, что наглядно показывает, как тюркское слово «ильчи» обрусело не только фонетически, но и словообразовательно: сначала его осмыслили как личное прозвище, а затем встроили в русскую патронимическую схему с наращением. Это не «исконно русская» и не «чисто татарская» фамилия, а точный слепок культурного пограничья.