Фамилия Ильчинин — редкая и неочевидная для поверхностного взгляда. На первый взгляд она похожа на отчество от имени Илья (через форму Ильча), но это не так. Ключ к пониманию лежит в суффиксе -инин, который встречается в русских фамилиях значительно реже, чем стандартные -ов или -ин. В старых документах и говорах суффикс -инин указывал на принадлежность к роду по женской линии или по прозвищу, оканчивающемуся на -иня.

Основа «Ильчин» скорее всего восходит к прозвищу Ильча или Ильчи́на. В северных и сибирских говорах «ильча» — это диалектное название для и́лька, то есть куницы. Промысловое прозвище Ильча могли дать охотнику, добывавшему пушнину, или человеку, носившему шапку из куницы. Вторая версия, менее вероятная, но допустимая: прозвище Ильча могло быть образовано от тюркского имени Ильчи (посланник, гонец) с добавлением русского суффикса -ин. В таком случае фамилия означала бы «сын посланника».

Фамилия Ильчинин почти не встречается в центральных губерниях России. Её очаги — Вологодская, Архангельская области и частично Урал, где промысловая охота была основным занятием. В переписных книгах XVII–XVIII веков такие фамилии фиксировались у крестьян и посадских людей, а не у дворянства, что подтверждает её «народное» происхождение.

Если сравнивать с однокоренными, то фамилия Ильчинин стоит особняком. Есть фамилия Ильчин (от Илья через краткую форму), но она строится по другой модели. Ильчинин — более архаичная и редкая форма, сохранившая следы древнерусского патронимического суффикса. Носитель такой фамилии, скорее всего, потомок охотника-промысловика из северных лесов, а не боярского рода.