Фамилия Илдаркин образована от имени Илдарка — уменьшительной формы татарского мужского имени Илдар (Ильдар). Имя Илдар переводится как «руководитель страны» или «правитель»: первая часть «ил» означает «страна, народ», вторая — «дар» (обладание, власть). Называя сына Илдаркой, родители желали ему стать хозяином своей судьбы, лидером. Со временем от этого имени-прозвища и возникла фамилия: суффикс -ин указывал на принадлежность («чей?» — сын Илдарки). В русской ономастике такая модель типична для фамилий, образованных от имён, оканчивающихся на -а или -я: Илдарка → Илдаркин.

Интересно, что фамилия Илдаркин — редкий случай, когда тюркское имя получило русский уменьшительный суффикс -ка, а затем и фамильный суффикс -ин. Это говорит о давнем и тесном соседстве татарского и русского населения, особенно в Поволжье и Приуралье. Скорее всего, предки носителей фамилии жили в смешанной среде, где татарские имена адаптировались к русской словообразовательной системе. Других версий происхождения (от славянского корня или прозвища) не существует — основа однозначно восходит к имени Илдар.