Фамилия Илдаркины (в мужском варианте Илдаркин) — редкий случай, когда восточное по происхождению имя закрепилось в русской фамильной модели с суффиксом -ин. Это сразу указывает на два ключевых факта: основа имени — тюркская, а оформление фамилии — уже русское, по патронимическому принципу «чей?» (чей сын? — Илдаркин).

В основе лежит имя Илдарка — уменьшительная форма от татарского имени Илдар (встречается и как Ильдар). Корень здесь составной: «ил» (страна, родина) и «дар» (держать, владеть). Имя Илдар переводят как «руководитель страны», «правитель», «владеющий родиной». Имя это было пожелательным: называя сына Илдаром, родители желали ему стать хозяином своей судьбы или занять высокое положение. Уменьшительная форма Илдарка — ласкательная, домашняя, она и стала основой для фамилии.

С точки зрения словообразования фамилия Илдаркин строится по той же схеме, что и тысячи русских фамилий от крестильных имён: Пётр — Петька — Петькин, Иван — Ванька — Ванькин. Только здесь вместо славянского имени — тюркское. Суффикс -ин присоединяется к основам на -а, -я, что и произошло: Илдарка → Илдаркин.

Географически фамилия тяготеет к регионам с давним татарским и чувашским населением — Поволжье, Приуралье, отчасти Западная Сибирь. Встречается она нечасто, что говорит о локальном бытовании: возможно, род Илдаркиных происходит из одной или нескольких соседних деревень, где имя Илдар было распространено.

О точном времени возникновения фамилии судить сложно. Массово фамилии у татар и крещёных татар (кряшен) стали закрепляться в XVIII–XIX веках, но отдельные случаи могли быть и раньше. Поскольку фамилия оформлена по русской модели, её носители, скорее всего, были крещёными татарами или чувашами — в среде мусульман-татар фамилии чаще образовывали через -ов/-ев (Илдаров, Ильдаров). Вариант Илдаркин — маркер того, что предки жили в православной среде и приняли русскую фамильную норму.

Других версий происхождения, кроме как от имени Илдар, у этой фамилии нет: звучание слишком прозрачное, и альтернативные корни (например, от прозвища) не прослеживаются.