Фамилия Ильдеркин восходит к мужскому тюркскому имени Ильдар, которое в переводе на русский язык означает «имеющий родину», «руководитель страны, правитель». В основу фамилии легла уменьшительная русифицированная форма этого имени, распространенная среди чувашей — Ильдерка.