Фамилия Ильдеркин образована от мужского тюркского имени Ильдар. В переводе с тюркского оно означает «имеющий родину» или «руководитель страны, правитель». Однако в основу фамилии легла не сама полная форма имени, а его уменьшительная, русифицированная версия — Ильдерка. Именно эта форма была особенно распространена среди чувашей, что и указывает на вероятные этнические корни носителей фамилии.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»). Фамилия Ильдеркин буквально означает «сын Ильдерки» или «потомок Ильдерки». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а/-я. В ономастике этот случай интересен тем, что тюркское имя прошло двойную адаптацию: сначала было сокращено до ласкательной формы в чувашской среде, а затем получило русский фамильный суффикс.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Ильдеркин отличается от более частотных Ильдаров или Ильдаркин именно своей промежуточной формой. Суффикс -к- в основе (Ильдерк-а) — типичный уменьшительный для тюркских языков, но в русской фамилии он закрепился как часть корня. Это делает фамилию своеобразным маркером: предки носителя, скорее всего, были крещёными чувашами или татарами, жившими в смешанной с русскими среде, где имена адаптировали на русский лад.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью, особенно к территориям современной Чувашии и Татарстана. В дореволюционных источниках Ильдеркины могли записываться как крестьяне или мещане, но точных данных о сословной принадлежности по одной лишь фамилии нет. Спорных версий происхождения у этой фамилии практически нет: тюркская основа и русский суффикс складываются в однозначную картину, а альтернативные гипотезы (например, от финно-угорских корней) выглядят натянутыми и не подкреплены ареалом бытования.