Фамилия Ильдеркина образована от мужского тюркского имени Ильдар. В переводе с тюркских языков оно означает «имеющий родину» или «руководитель страны, правитель» (от слов «иль» — страна, родина и «дар» — иметь, владеть). Однако в основу фамилии легла не сама классическая форма Ильдар, а её уменьшительный, русифицированный вариант — Ильдерка. Такая форма была особенно распространена среди чувашей, у которых имя Ильдар (а также его варианты) встречалось часто, и для повседневного общения его нередко «обрусевали» с помощью суффикса -к(а), добавляя ласкательный или просторечный оттенок.

Словообразовательная модель проста: к основе Ильдерк- добавили типичный русский фамильный суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Ильдеркин). Таким образом, первоначально Ильдеркин — это сын или потомок человека по имени Ильдерка. Фамилии на -ин, как правило, закреплялись в северных и центральных русских регионах, а также в Поволжье, где активно шло взаимодействие с тюркскими и финно-угорскими народами. Чувашская среда — один из наиболее вероятных очагов возникновения этой фамилии.

Обратите внимание на редкий переход звука: тюркское «Ильдар» превратилось в «Ильдерк-а». Это не ошибка, а характерный для чувашского языка процесс: в разговорной речи гласный «а» во втором слоге мог переходить в «е» (явление умлаута), а затем добавлялся русифицирующий суффикс. Поэтому фамилия Ильдеркина стоит в одном ряду с однокоренными, но более прямыми вариантами — Ильдаров, Ильдаркин, Ильдеряев (от Ильдеряй). Если Ильдаров прямо отсылает к полному имени «Ильдар», то Ильдеркина — именно к его народной, «домашней» форме.

Процесс закрепления фамилий в крестьянской среде Поволжья завершился в основном к концу XIX века. Окончательно определить точное место и время возникновения конкретного рода Ильдеркиных можно только по архивным генеалогическим исследованиям: метрическим книгам, ревизским сказкам или переписям. Сейчас фамилия встречается преимущественно в Чувашии, Татарстане и соседних областях, что подтверждает её региональные корни.